هدف از این تحقیق، بررسی وضعیت آلودگی میکروبی گوشت قرمز (گاو و گوسفند) و مرغ در کشتارگاه‌های استان کرمانشاه با استفاده از سیستم‌ Hazard Analysis Critical Control Points (HACCP) بود. به منظور شمارش میکروارگانیسم‌های هدف شامل تعداد باکتری‌های کل، اشریشیا کلی، استافیلوکوکوس اورئوس، گونه‌های سالمونلا و لیستریا مونوسیتوژنز در خط کشتار گاو، گوسفند و مرغ به ترتیب از محیط‌های کشت پلیت کانت آگار، ائوزین متیلن‌بلو آگار، برد پارکر آگار، سالمونلا شیگلا آگار و پالکام لیستریا سلکتیو آگار استفاده گردید. در مرحله شستشوی نهایی و خنک‌کردن لاشه گاو و گوسفند شمارش کلی میکروارگانیسم‌ها نسبت به سایر مراحل به ترتیب به صورت غیرمعنی‌دار (۰۵/۰ < P) و معنی‌داری کاهش پیدا کرد (۰۵/۰ > P). در مرحله خنک‌کردن لاشه و تخلیه امعأ و احشأ به ترتیب کمترین و بیشترین تعداد اشریشیا کلی، گونه‌های سالمونلا و لیستریا مونوسیتوژنز جداسازی گردید. نتایج این مطالعه نشان داد، میزان عوامل بیماریزا شامل لیستریا مونوسیتوژنز (log CFU/g ۲۵/۲)، گونه‌های سالمونلا (log CFU/g ۳۱/۲)، اشریشیا کلی (log CFU/g ۴۱/۲) و استافیلوکوکوس اورئوس (log CFU/g ۱۸/۲) بعد از نگهداری گوشت مرغ در شرایط سرد به صورت معنی‌داری کاهش یافت (۰۵/۰ > P). نتایج این مطالعه نشان‌دهنده کیفیت میکروبی مطلوب نمونه‌های گوشت قرمز (گاو و گوسفند) و مرغ در انتهای خط تولید و قبل از توزیع بود.